冷凍真空干燥法不同于以上的干燥方法，干燥的溫度基本上在0℃以下的進行，即在金花茶凍結的狀態下進行，直到后期，為了進一步降低金花茶中的殘余水分含量，才讓物料升至0℃以上的溫度，但一般不超過50℃。

冷凍干燥就是把金花茶中含有的水分，預先進行降溫凍結成固體，然后在真空的條件下使水蒸汽直接升華出來，而金花茶原有的組織停留在凍結時的冰架中，因此它干燥后疏松多孔體積不變，整個干燥的過程是在較低的溫度下進行的。

金花茶在干燥前處于低溫(凍結狀態)，同時冰晶均勻分布于金花茶體內中，升華過程不會因脫水而發生體積縮小現象，避免了由水蒸氣產生泡沫、氧化等副作用。干燥組織呈干海綿多孔狀，體積基本不變，遇水極易恢復原狀。在zui大程度上防止金花茶在干燥過程中的理化和生物學方面的變性。

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